Демон настроек Gnome любит перезаписывать уже существующие настройки (например в файле xorg.conf.d). Исправить эту проблему достаточно просто для тачпада:
1. Запускаем dconf-editor
2. Находим раздел /org/gnome/settings-daemon/plugins/mouse/
3. Снимаем галочу с active
Теперь существующая конфигурация synaptics не будет перезаписываться Gnome